教育用計算機システムの利用方法は，利用の手引きにまとめてあります．(印刷したものを入学時や進学時に配布しています．)
このなかで，教育用計算機システムを使う上で守るべき規則が教育用計算機システム利用規則に書かれていますので，必ず読んでください．(「利用の手引き」の付録に入っています．)
また，東京大学でのコンピュータやネットワークの利用にあたっては，情報倫理規則(東京大学情報倫理ガイドラインのページを参照)に従う必要があります．
教育用計算機システムからWWWやメールなどで情報発信するさいのガイドラインが情報公開ガイドラインにありますので，必ず読んでから情報発信するようにしてください．(「利用の手引き」の付録に入っています．)この情報公開ガイドラインは，WWW，メーリングリスト，SNS，WWW掲示板など多数を対象にしたあらゆる情報発信に適用されることを注意してください．
コンピュータはその名の「計算機」としてだけではなく，インターネットにつないでコミュニケーションの手段となっています． コミュニケーションの手段としてのコンピュータは使いこなすと大変便利なものですが，反面凶器となり人を傷つける可能性もありますので，上記の規則やガイドラインをよく読んで使ってください．
また，東京大学の教育用計算機システムは，
という点で，自宅にあるPC(パーソナルコンピュータ)とは異なる規則で運用されています．自宅でPCを使っていてコンピュータに慣れていると思っている人も，上記の規則とガイドラインをよく読んで使うようにしてください．
教育用計算機システムに関する広報は教育用計算機システムのホームページで日々アップデートされていますので，一日一回は目を通すようにしてください． 「ECCS広報」グループもしくは広報用メーリングリスト (教職員のみ)に登録すると，お知らせをメールで受け取ることができます．
教育用計算機システムは情報基盤センターが管理しています．情報基盤センターは，東京大学の情報基盤を整備するために1999年に改組(組織変更)されてできたセンターです．
教育用計算機システムの端末がまとまって設置してあるのは以下の場所です．
本郷地区には，分散配置端末と呼ばれる小規模の端末室がいくつもあります．(「利用の手引」の付録の端末の配置 参照)
端末室の利用にあたっては， 利用上の注意をよく読み,他の人の迷惑にならないように心掛けてください．
以下，Q&A形式で，よくある質問(Q)と答え(A)をあげます．
質問をする前に，まずは，自分自身で情報を集めて解決する努力をしましょう． 教育用計算機システムを使うための技術的な情報は， 「情報」の授業や利用の手引等の書籍のほか， オンラインでは 教育用計算機システムのホームページ 利用の手引きなどから得ることができます． これらの有用な情報を取捨選択して取り入れるのも， 情報処理の基本的素養の一つです．
それでも解決出来ない場合， 授業中は，TA(ティーチングアシスタント)や教員に質問してください． 自習時は，まずは 相談員 に聞いてみてください． 相談員というのは，学生の中からボランティアで 教育用計算機システムに関する質問に答えてくれたり， センターとの窓口になってくれる人です． 相談員は，駒場地区では，情報教育棟の1階自習室，駒場図書館1階メディアパーク内の相談員席という席に，本郷地区では，情報基盤センター 1F 相談員室, 総合図書館 1F メディアプラザ, 福武ホール B1F 実習室にいます． 相談員がいない時間帯や，アカウントに関する質問などは，教育用計算機システムの窓口に来てください．
質問や障害報告をする際は， 「どの教室の何列前から何番目の端末で(その端末から別の機械に入って使っている場合はホスト名)」， 「いつ」， 「どのような行動をとったら」， 「どのような症状が現れたか」を，できるだけ正確に報告することを心がけてください．
問題のある情報発信として外部から指摘を受けた場合は，最高情報セキュリティ責任者（CISO）により事実認定及び処置についての決定がなされます．CISOからの依頼を受けた時は，センターは上記のログを元に調査をおこない，CISOに報告します．
教育用計算機システムの利用に関するトラブルはかなりの頻度で発生しています． 以下に実例のほんの一部をあげます．
学生AがサークルのWWWページを作成するためにWWW公開実験に申し込んだが， ページの変更をやってもらうため，学生Bにパスワードを教えたら， ページの運営方針に関して対立して，パスワードを変更されてしまった．
パスワードの再発行理由に事情を書いたため判明．両者，アカウントを一時停止 (アカウント貸し借り)
学生Aが他大学の学生に自分の教育用計算機システムのアカウントのユーザ名，パスワードを教えて 図書館の端末を使わせた．更に図書館に入るために学生証を貸していた． (アカウント貸し借り)
学生Aがとなりの席で学生Bがログインする様子を見て， パスワードを記録．後で他の席で学生Bのアカウントでログインした．
学生Bが，自分のアカウントが他の端末で使われているのに気がついて， 友人と共に学生Aを事務室につれていった．アカウントを盗用したのは， 「アイドルの人気投票のページがあるが， 同じメールアドレスから何度出しても1票にしかならないので， メールアドレスが欲しかった」という理由．学部と連絡の上， アカウントを停止する．学部側の調査で大学内の他のシステムでも アカウント盗用事件を起していたことが判明し，自主退学になった． (不正アクセス)
教育用計算機システムのあるユーザAに，システム管理者を名乗り(差出人は u-tokyo.ac.jp のメールアドレスだが，返信先は外部のプロバイダ)，メールの容量を増やすのでパスワード等を「メールで」送るよう指示する(英文の)メールが届いた．
そのメールに返信してパスワードを送ったところ，そのユーザAのアカウントを利用して，海外から教育用計算機システムのメールサーバを使って大量の迷惑メールが発信され，多くのプロバイダから他のユーザからの正常なメールも含めて，メールの受取を拒否された． (アカウントの不適切な管理)
学生AがWWWで集めたヌード画像をセンターのプリンタ(白黒)で印刷していた．
センター職員が故障したプリンタを直したところ溜っていた 印刷命令が実行され，その手の出力が何枚も出てきた． プリンタの出力記録からユーザを特定し， アカウントを一時停止．本人に来てもらい，反省文を提出後，アカウントを復活． (猥褻，目的外使用)
学生Aが，学生約900人に「心理テスト」というメールを出す．
学部に連絡しセンターに来てもらう．反省文提出(SPAM)
学生Aが数十社の会社の人事担当者に，「B学部の3年生のメールアドレス付の名簿のリストを売ります」というメールを出した．
人事担当者からセンターに問い合わせが来て発覚．所属学部と相談しアカウントの無期限停止．(個人情報売買)
学生Aが，学生Bに センター長を名乗って 「アカウントを停止するから事務室に来るように」という内容のメール を出した．
学生Bがセンターに相談に来たため発覚． 学部とセンターで呼び出した．友人へのいたずらと分かり， 学生Bも納得していたため反省文提出だけでアカウント停止しなかった． (騙り)
学生Aが，高校時代の友人B(東大外)のメールアドレスを騙って， 女性名で「メール交換してください」と大学外部のWWW掲示板に投稿した．
Bからセンターに抗議のメールが来て調査の結果判明した． 学部とセンターとで呼び出し，Bへの謝罪メールを出した上でアカウントを復活したが， WWW公開実験参加は取り消した． (騙り)
掲示板の管理者からの連絡で，学生を特定． 事情聴取の上厳重注意． (誹謗中傷)
学生Aが，自分のPCにファイル共有ソフトをインストールして，教育用計算機システムの有線/無線LANサービスに接続して，著作権者の権利を侵害して公開されている映画の動画ファイルをダウンロードした．
著作権者が大学側に連絡し，通信の記録を元にユーザが特定された．学生Aの所属する学部の情報倫理審査会で 審査がおこなわれ，処置が決定した． (著作権侵害)
学生Aが，大学外のサーバに置かれていた海賊版ソフトウェアをセンターのマシンを使ってコピーして自宅に持ち帰っていた．
サーバを JPCERT/CC(コンピュータ緊急対応センター) が調査して，センターに連絡がありユーザが特定できた． 所属学部に連絡して，卒業までアカウント停止． (著作権侵害)
学生Aが「端末のしぼうするぷろぐらむ」 を友人からもらい実行した． これは，サーバに負荷をかけて使用不能にするもので， 同じサーバを利用していたユーザ数十人が影響をうけた．
アカウントを一時停止．本人から話を聞いた上で反省文を提出し，アカウントを復活． (システム妨害)
学生Aがシステムのセキュリティホールをつき，管理者権限を取得できる裏口をつくりそのまま放置． 学生Bが偶然，その裏口を発見し，誤った操作でシステムを破壊．
1年間のアカウント停止．(結果として留年) (システム妨害)